结膜吸吮线虫海藻糖酶筛选及其生物信息学分析

更新时间:2023-05-28

【摘要】目的筛选结膜吸吮线虫基因组注释数据,鉴定海藻糖酶基因,并研究其编码蛋白的生物学特性。方法基于结膜吸吮线虫基因组筛选出海藻糖酶基因并进行PCR验证,通过生物信息学方法分析该基因编码蛋白的结构特征,包括疏水区、跨膜区、信号肽及结构域,以及编码蛋白质的二级、三级结构及其抗原表位。对其编码的氨基酸序列进行同源比对,利用MEGA X软件构建系统发育树,通过STRING数据库对其蛋白互作网络进行预测。结果从结膜吸吮线虫基因组中筛选鉴定出1条具有完整编码区的海藻糖酶基因序列,其长度为1 638 bp,编码545个氨基酸;预测其编码蛋白大小为63 478.48 ku,为分泌蛋白;其5′区域包含一个信号肽,无跨膜区,推测具有7个抗原表位。以STRING数据库中线虫蛋白互作网络信息为参考,对结膜吸吮线虫海藻糖酶基因的蛋白质互作网络进行预测,共鉴定出包括10个基因在内的27个互作关系。结论从结膜吸吮线虫基因组中筛选出1条海藻糖酶基因并对其编码蛋白进行了生物信息学分析,从而为该蛋白的生物学功能研究及结膜吸吮线虫病疫苗候选分子筛选奠定了基础。

【关键词】 结膜吸吮线虫 基因组 海藻糖酶 生物信息分析

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